办公室（与法制稽查科合署办公）：

负责全所党、政事务、综合协调、人事管理、财务管理、行政后勤、图书档案、文秘、工作计划总结，局域网及信息网络管理；负责新闻、信息报道等工作；各类大型活动、重要会议的信息汇总和综合协调各业务科室做好突发公共卫生事件的调查处理等。协助规范性文件立法调研、起草、修订；参与组织听证、行政复议、诉讼及申请法院强制执行的相关事宜；有关卫生法律、法规、规章和卫生标准的收集、整理、汇编及具体业务问题的请示、解答；对处罚案卷进行审核、报批；卫生法制宣传教育、咨询工作；负责对全市卫生监督员培训管理、继续教育科研管理和行为稽查；参与大案要案查处、负责报告；受理消费者投诉并负责分办、督办、反馈。

卫生监督一科：

负责相关健康场所的预防性卫生监督和卫生许可证颁发前的现场卫生审查工作。

卫生监督二科：

负责食品卫生监督执法工作，组织、协调、规范、督导区、县（市）相关的食品卫生监督执法工作，负责管辖范围内突发公共卫生事件协调处理、卫生监督投诉查处；负责职责范围内大型活动和会议监督保障；负责学校卫生监督监测工作。

卫生监督三科：

负责全市医政、传染病防治、母婴保健、采（供）血、放射防护等监督执法，组织、协调、督导区、县（市）相关的卫生监督执法工作，负责管辖范围内突发公共卫生事件协调处理、卫生监督投诉查处。

职业卫生监督科：

负责职业卫生卫生监督执法工作，组织、协调、督导区、县（市）相关的卫生监督执法工作，负责管辖范围内突发公共卫生事件协调处理、卫生监督投诉查处。

环境卫生监督科：

负责公共场所、化妆品、集中式供水（涉水产品）卫生监督执法工作，组织、协调、规范、督导区、县（市）相关的卫生监督执法工作，负责管辖范围内突发公共卫生事件协调处理、卫生监督投诉查处。负责职责范围内大型活动和会议监督保障。

办证科：

负责市卫生局行政审批中心窗口的各类卫生许可证、卫生批准证书、执业许可证等许可项目的申请受理、分办、报批、督办和发放；有关申请资料的形式审查、规范、指导区、县（市）对各类卫生许可审批工作，掌握全市各类卫生许可审批发证情况。

温州市卫生监督所经济技术开发区分所：

负责温州市经济技术开发区卫生监督执法工作，组织、协调、规范管辖范围内的卫生监督执法工作，负责管辖范围内突发公共卫生事件协调处理、卫生监督投诉查处。